【Stage6——Alpha空间站】
Layer：“X，听见了吗？空间站内部也有防卫加农炮，你们要小心那些激光。另外，因为是在失重环境下，所以，很难控制身体方向，那么，请小心。”（Mission Start）
（通过激光阵之后，进入中BOSS房间，场景变换成宇宙，遭遇中BOSS：外星人，
打败它之后外星人会变成人造卫星，场景会变回空间站，继续前进，突破隐形石块阵之后）
Layer：“X，听见了吗？要到达前方必须用那些传送黑洞了，你们可以用那些传送黑洞到达前面。”
（用传送黑洞，找到隐形的梯子后，爬上去，找到万神装甲（Pantheon Armor）的身体配件）
Light：“X，
就比如你的名字一般，蕴藏着无限的可能性，有如这个宇宙，从诞生到消亡的大循环。但如果你发现了自己的那个可能性，千万别沮丧，你永远是你自己。这是万神
装甲的身体配件，拥有高强度的机动性能和特殊情况保护机制，这样，即便有强风也能站稳了，那么，快站上来穿上吧。”
（站上去，得到万神装甲（Pantheon Armor）的身体配件）
（之后下去，用传送黑洞，一步一步地传送到前面的房间里，场景发生变化，变成了X8时的Sigma神殿）
Sigma：“欢迎，见到你真是太高兴了，X。命运总是让我们相见，无论在哪里。”
X：“Sigma？！你不是已经…？！”
Sigma：“我说过，我的孩子们会成为新时代的霸主，而且，现在，你马上就要从历史里消失！”（Warning）
（若被他打败）
Sigma：“让绝望降临吧！哈哈哈！新的时代马上就要来临！”
（打败他后）
Sigma：“不、不可能…！你……就在这个时空……慢慢地飘荡吧！呜啊啊啊——！”（大爆炸）
（场景变换回空间站）
无限水蚤：“X！小心！呜啊！”（和X一起被传送到X6里的武器工场）
X：“刚刚，这到底是……？！”
无限水蚤：“呃啊…！X！快！快打倒我！”
X：“这、这是…？！”
无限水蚤：“看样子，我们的时间在倒退。我、我马上就要变回Irregular了！”
X：“难道，刚刚我遇见的Sigma也是…？！”
无限水蚤：“那个家伙……能操纵时空……快，把我打倒吧！呃……要是让镭射巨人把你打倒的话，Gate大人一定会很高兴的吧！”
X：“！”（Warning）
（若被他打败）
无限水蚤：“没有人可以阻碍我们的计划！不过，镭射巨人还在测试中呦！”
（打败他后，场景变换回空间站）
无限水蚤：“呃……X……对不起，我刚才……”
X：“不要紧，你先逃吧！这里交给我！”
无限水蚤：“那么，拜托你了。”（离开）
X：“出来吧！”
Hermes：“哼哼哼…回到了从前，感觉如何？”
X：“没有如何，你快让加农炮改变轨道！”
Hermes：“这个嘛……很抱歉，我可以改变现在、过去，甚至是未来，但惟独这件事……”
X：“我知道了，所以，我必须打倒你！”
Hermes：“别动粗嘛！英雄，让我‘虚无之Uranus’的Hermes，来陪你玩个游戏吧！？”（Warning）
（若被他打败）
Hermes：“真没劲呐…不过，我可以到你诞生的时代去把你干掉，这样，你就永远从这个时空里消失了！哼哼哼…”
（打败他后）
Hermes：“呃……你……居然打败了十三使徒中的我……而且，力量还这么惊人……不可思议啊……我……我必须……回到过去……这样……我就可以……复……”（大爆炸）
Layer：“X，听见了吗？空间站的电脑在前面的房间里，你们现在过去把加农炮轨道调整过来。”
X：“了解！”
（进入前方的房间，走上前和电脑对话）
电脑：“Alpha空间站电脑为您服务，加农炮，目前轨道正对面：地球，可依指令随时发射。要更改轨道，请输入密码。”
X：“Layer，你有加农炮的密码吗？”
Layer：“等等，我查查…没有。”
X：“该死，难道无法变更轨道了吗？”
无限水蚤：“不要放弃喔，X！”
X：“水蚤！”
无限水蚤：“Cain博士让我看守这座空间站，所以密码也只有我知道。密码是：KREI。”
※：KREI——世界语“创造”，对应Genesis的“创世纪”
X：“嗯。”
（若输入错误的密码）
电脑：“密码错误，请重新输入！”
（输入密码之后，若正确）
电脑：“密码正确，开始调整轨道，请按照屏幕显示，按方向键调整炮口，按攻击键确定。”
（只能把炮口调整到镜头里没有行星的地方，之后按攻击键确定）
电脑：“炮口轨道调整成功。”
Layer：“这样一来，Alpha空间站的异常就解除了，先回基地来吧。”（Mission Complete）
【X 得到 Hermes 的 平行宇宙（Hollow Multiverse）】
【Zero 得到Hermes 的 轮回转生（Rinnnenntennsei）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：指令室】
（屏幕传来修复员的SOS讯息）
修复员：“大、大事不妙了！Vava他…袭击了修复室！请求支援，呜啊——！！！”（通讯结束）
Zero：“X，我们走！”
X：“嗯！”
（来到修复室，见到凌乱的场景，还有被破坏的胶囊和设施）
Vava：“哼哼哼…哈哈哈哈！啊哈哈哈哈哈哈——！！啊哈哈哈哈哈哈哈哈——！！！”
（扛着Axl，离开）
X：“Vava！可恶！别跑！”
Zero：“现在不是追击Vava的时候！X！冷静！”
X：“Axl他被…！”
Zero：“我知道，不过，只要监测到Axl的所在，就一定能知道Abel研究所的地点了。”
X：“………………”
【红色警戒废墟：秘密研究室】
Vava：“Abel教授也真是的，让我把你扛到这里来，不让我回研究所。”
Abel：“Vava…Axl，他如何了？”
Vava：“那小子睡得沉得很，放心吧，教授。”
Abel：“记着，那是我们的杀手锏，你要好好看管。”
Vava：“是。教授让我把他弄来这里，到底是什么意思？”
Abel：“他们很聪明，想跟踪Axl的行踪找到我们的研究所，不过，老朽不会让任何人打搅老朽的计划，所以让你把Axl送到那里，而且，那里也是Axl过去呆过的地方……”
Vava：“我明白了。那么，教授，要给那小子‘洗礼’吗？”
Abel：“还不需要，老朽还要彻底分析一下他的情况，毕竟Lumine给的伤害可是改变数据结构的病毒伤……”
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